首先保鮮冷庫在貯藏瓜果入庫前，應先消毒及制冷，在瓜果入庫前5.6天，用選用0.1mg/kg克菌靈噴灑來消毒，保持瓜果冷庫內衛生清潔，沒有雜菌。啟動瓜果冷庫庫內制冷系統，將保鮮冷庫溫度調控在8-12℃，然后根據瓜果品種特性，1周內降至最佳溫度。
瓜果入保鮮冷庫儲存之前，要先讓瓜果預冷。預冷可以在采摘后堆放在地里，直接利用夜里低溫預冷，在早晨溫度回升之前存入冷庫貯藏。瓜果入保鮮冷庫時在一周內，利用冷庫制冷機系統循環空氣，借用熱傳導和蒸發潛熱冷卻瓜果，讓瓜果本身與冷庫溫度一樣。
瓜果冷庫的相對溫度3~5℃，相對濕度80％左右，最低庫溫可控制在0-3℃。0-8℃的瓜果冷藏庫的管理注意要點:針對瓜果冷庫貯藏及管理要點簡述
1、瓜果冷庫貯藏的相對溫為5-6℃，尤其是瓜果入保鮮冷庫貯藏初期，應根據漸漸降溫后，再調整為正常貯藏，最大限度的減少瓜果的生理病害，提高瓜果的儲存質量。夏季或秋季從保鮮冷庫內取出瓜果時，瓜果表面會容易凝結水珠，出保鮮冷庫后在貨架的時間很短，所以瓜果出保鮮前需要慢慢升溫，讓瓜果本身溫度慢慢升高到合適的溫度再出庫，這樣非常有利于保證瓜果的質量和延長貨架時間。
2、瓜果冷庫貯藏的相對濕度為80-85％，由于制冷系統工作蒸發管會經常不斷地結附冰霜，再又不斷地將蒸發管上的冰霜沖走，再就是根據建筑物多用水泥材料，導致保鮮冷庫內濕度降低，這樣不符合瓜果對濕度的要求，在瓜果貯藏期可以可以在地面灑水或是鋪濕草簾保持保鮮冷庫內合適的濕度。
3、瓜果冷庫內，瓜果在儲存過程中會通過呼吸作用放出co2和乙烯等其他刺激性氣體，當這些氣體達到一定濃度后，會導致瓜果果實的后期成熟衰老，瓜果品質變差，無法達到長期儲存。所以瓜果冷庫必須通風換氣。通風換氣時間最好是在自然溫度較低的早晨，同時開啟自動噴霧器，隨冷風將細微水霧送入瓜果保鮮庫內，效果更加理想。